是年，御史郭翰巡察陇右，宁州歌狄刺史者盈路，郭翰返朝后上表举荐，狄仁杰升为冬官（工部）侍郎，充江南巡藏书网抚使。

    垂拱四年八月，因韩王之侄李蔼告密，琅玡王李冲率领五千人马，在博州仓促起兵，短短七日九九藏书网，即已兵败；其父越王李贞也于豫州响应，武后相继派丘神勘等人讨平，斩杀李贞等人，并因此大相诬引，九九藏书杀韩王李元嘉等宗室数百人，改姓虺氏，“自是宗室诸王相继诛死者，殆将尽矣。”

    武后平定了此次宗室叛乱后，派狄仁杰出任豫州刺史。其时，受越王株连者六、七百人在监，籍没者多达5000人。狄仁杰深知黎民百姓，多被迫在越王九九藏书军中服役，因此上疏：“此辈咸非本心，伏望哀其诖误。”武后听从了他的建议，特赦这批死囚，改杀为流，稳定了豫州局势。